آلودگی به کنه‌های سخت از چالش‌های عمده صنعت دامپروری است. پژوهش حاضر با هدف شناسایی ژن‌های شاخص با بیان افتراقی و آنالیز هستی‌شناسی آن‌ها بین دو گروه گاوهای حساس و مقاوم به کنه با استفاده از اطلاعات رونوشت بافت پوست (۱۰ نمونه در قالب دو گروه ۵ تکراری) انجام شد. تفکیک گاوها به دو گروه حساس و مقاوم بر اساس شمارش تعداد کنه‌های بالغ ماده چسبیده به سطح بدن دام تحت شرایط آلودگی طبیعی صورت گرفته بود. پیش‌پردازش، هم‌ردیفی و آنالیز بیان افتراقی توالی‌ها به‌ترتیب با استفاده از نرم‌افزارهای FastQC، Trimmomatic، Hisat2، Samtools و Cufflinks انجام پذیرفت و تحلیل هستی‌شناسی ژن‌ها از طریق پایگاه داده DAVID صورت گرفت. پس از کنترل کیفی و کسب نرخ هم‌ردیفی بیش از ۹۹.۹ درصد بر ژنوم مرجع، از میان ۳۷,۸۲۰ شناسه ژنی، تعداد ۴۴ ژن دارای بیان افتراقی معنادار q-value<0.05 شناسایی شد که در نهایت با اعمال آستانه ∣log2(FC)∣>2|، تعداد ۱۹ ژن شاخص تعیین گردید. نتایج آنالیز هستی‌شناسی و مسیرهای KEGG نشان داد ژن‌های کلیدی نظیر MX2، ISG15، IFI27، RSAD2، CCL20، IL1B و CXCL3 نقش اساسی در پاسخ ایمنی ذاتی، مسیرهای سیگنال‌دهی اینترفرون، تنظیم سایتوکاین‌های التهابی، آپوپتوز و کموتاکسی سلول‌های ایمنی ایفا می‌کنند؛ به‌طوری‌که نژادهای مقاوم با فعال‌سازی سریع، هدفمند و کنترل‌شده این ژن‌ها، مانع از بروز التهاب مزمن و آسیب بافتی در محل گزش می‌شوند. ژن‌های کلیدی پاسخ‌دهنده به اینترفرون و سایتوکاین‌های شناسایی‌شده (به‌ویژه ISG15، MX2 و IL1B) می‌توانند به عنوان کاندیدا های مولکولی برای تبیین تفاوت پاسخ گاوهای مقاوم و حساس به آلودگی کنه قرار گیرند.