زنبور عسل کوچک یکی از دو گونه زنبور عسل موجود در ایران است که در نواحی جنوبی کشور زندگی می‌کند و نقش مهمی در گرده افشانی گیاهان این منطقه ایفا می‌کند. هدف از این مطالعه، بررسی تنوع موجود در جمعیت زنبورعسل کوچک که یکی از اهداف مهم در اصلاح نژاد زنبورعسل محسوب می­شود، می­باشد. حدود 300 نمونه زنبور کارگر از 29 کلنی مربوط به 7 منطقه مختلف جمع آوری و 11 صفت مورفولوژیک آنها اندازه­گیری شد. گروه­بندی جمعیت کلنی­های مورد بررسی بر اساس صفات کلیدی مورفولوژیک با روش تجزیه خوشه­ای و به روش حداقل واریانس، مورد مطالعه قرار گرفت. همبستگی معنی­داری بین صفت طول خرطوم با صفات عرض بال جلو و طول بال عقب و صفت کوبیتال ایندکس با عرض بال جلو، در سطح احتمال ((P<0.05 وجود داشت، و همچنین تفاوت معنی­داری بین زنبوران عسل مناطق مورد مطالعه مشاهده شد (.(P<0.05 توده­های زنبور عسل مناطق مورد مطالعه بر اساس میانگین داده­های صفات (طول خرطوم، طول بال جلو، عرض بال جلو، طول بال عقب، عرض بال عقب، طول پای عقب، ضریب لاغری، کوبیتال ایندکس، قد، رنگ نیم حلقه سوم پشتی شکمی، رنگ سپرچه) به دو گروه مجزا تقسیم شد. بر این اساس منطقه­ی سیستان و بلوچستان در یک گروه و مناطق اهواز، یاسوج، جیرفت، کازرون، بوشهر، هرمزگان در گروه دیگر قرار گرفتند. بنابراین می­توان نتایج آنالیز PCA زنبوران عسل را در خوشه­بندی به دو گروه مجزا دسته­بندی کرد. این یافته­ها نشان می­دهد که در گونه زنبورعسل کوچک شرایط جغرافیایی محل زندگی می­تواند صفات مورفولوژیک را تحت تأثیر قرار دهد و چون این شرایط در حال تغییر است، این صفات نیز در طول زمان قابل تغییر خواهند بود.