بررسی ساختار جمعیت با استفاده از تحلیل شجره برای تشخیص دلایل اصلی مؤثر بر تنوع ژنتیکی جمعیتها مفید است. در این پژوهش تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت با استفاده از اطلاعات شجره گوسفندان کرمانی ایستگاه اصلاح نژاد شهربابک بررسی شد. متوسط فاصله نسل، متوسط همخونی، متوسط همتباری، متوسط رابطه خویشاوندی، اندازه مؤثر جمعیت و پارامترهای حاصل از تحلیل احتمال منشأ ژن برآورد شدند. میانگین فاصله نسل در این جمعیت 5/4 سال و اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از روش افزایش همخونی فردی 284 رأس بدست آمد. متوسط همتباری، متوسط رابطه خویشاوندی و متوسط همخونی در جمعیت مورد مطالعه بهترتیب 35/0، 69/0 و 09/0 درصد برآورد شد. تعداد کل حیوانات بنیانگذار، تعداد مؤثر حیوانات بنیانگذار، تعداد مؤثر اجداد، تعداد مؤثر ژنوم حیوانات بنیانگذار، تعداد مؤثر ژنوم حیوانات غیربنیانگذار بهترتیب 406، 209، 73، 144، 454 راس برآورد شد. تقریباً 50 درصد از تنوع ژنتیکی جمعیت مورد مطالعه از 26 رأس از اجداد منشأ گرفته بود. نتایج این مطالعه نشان داد که میزان مشارکت حیوانات بنیانگذار در ایجاد جمعیت کنونی به علت اجرای برنامه انتخاب نامتعادل شده و سبب کاهش تنوع ژنتیکی جمعیت موجود در مقایسه با حیوانات بنیانگذار شده است.